以種係為中心的僅腫瘤測序分析：來自ESMO精準醫學工作組的建議

(2019.08《腫瘤學年鑒》封麵)

        當前，使用大型癌症組進行腫瘤測序越來越常見。對於僅在腫瘤測序中鑒定的癌症易感基因致病性序列變體，還不清楚其是否為體細胞或構成(種係)起源。

        關於在腫瘤測序數據上進行係統“種係聚焦分析”的程度以及進行種係樣本的變體隨訪分析，存在廣泛的差異。

        研究者分析了來自17 152個癌症樣本的配對測序數據，其中65個癌症易感基因中識別出1494個致病序列變體。

        根據這些分析，歐洲腫瘤內科學會(ESMO)精確醫學工作組種係亞組做出：

        1.關於僅腫瘤測序數據的種係聚焦分析建議

        2.種係隨訪測試的指征

        3.指導患者給予信息和許可。

        在僅腫瘤分析中觀察到的癌症易感基因，其中相當大比例的致病變體具有種係來源，但該部分在基因之間高度可變。

        實用的種係聚焦腫瘤分析，排除了低變異等位基因頻率的變異，並且分析局限於特定基因，從而確保大多數高度可操作的種係變體被識別，但種係隨訪的變體數量具有一定要求。

        腫瘤檢測，通常包括癌基因特定熱點突變的基因分型，但很少檢測患者的種係狀態。

        近5年來，新一代測序(NGS)技術的進步、分子腫瘤學的發展、分子分層籃/傘測試的出現以及商業供應商的積極營銷，推動了“大型”腫瘤測序組擴展數百個基因的編碼區。

        雖然配對腫瘤 - 種係分析可能在主要的學術癌症中心進行，但僅腫瘤分析已經成為典型的臨床實踐標準。

        除了影響癌症管理和治療，大型腫瘤組包含的大部分基因還賦予了癌症的遺傳傾向，即所謂的癌症易感基因(CSGs)。

        在CSG中識別出變體的子集是“致病性的”，如果存在於構成型DNA中，它們發展成一種或多種癌症的風險將大大提高。

        檢測到這樣的變體時，不清楚它是否起源於構成體(即存在於所有或大多數組織中，包括種係)或者已經被體細胞捕獲(即不在種係中但存在於腫瘤±周圍組織中)，我們將其稱為“腫瘤檢測出的潛在種係起源的致病變體”或“腫瘤檢測出的致病變體”。

        歐洲腫瘤內科學會(ESMO)精確醫學工作組(PMWG)發現該領域的臨床實踐已廣泛不同，因而召集了一個專家組，以解決腫瘤檢測致病變異體的種係管理問題。

        建議：

        1. 所有實驗室應該進行種係聚焦腫瘤分析，作為大腫瘤組常規分析的組成部分。

        2.可以通過自動化管道遞送種係聚焦的腫瘤分析，從而不用增加人工，還能降低成本、減少分析延遲。

        3.變體應該被標記為：(1)預測會通過功能喪失導致基因蛋白質截斷(2)通過維護良好、綜合性組織的臨床資源分類(推薦ClinVar)，標記為致病/可能致病性被推薦。

        4.種係聚焦腫瘤分析限於VAF> 30%(SNV)或> 20%(小插入/缺失)的變體，需要進行局部驗證以確認腫瘤VAF估計的準確性，特別是對於基於PCR的NGS方法。

        5.已知或懷疑高度突變的樣本應進行種係聚焦腫瘤分析。

        6.脫靶情況下的種係聚焦腫瘤分析應限於“高可動性-CSG”。

        7.對於以種係為中心的腫瘤分析，應該包括隱性作用的“高可行性-CSG”(目前僅MUTYH)，但報告和種係隨訪測試應僅在檢測到兩種致病變異時進行。

        8.“標準動作性”-CSGs的種係聚焦腫瘤分析應限於腫瘤內環境。

        9.用於種係聚焦腫瘤分析的“標準可操作性”-CSG可限於高外顯率的基因。

        10.種係聚焦的腫瘤分析限於種係轉換率> 10%的基因方案。因此，對於選定的基因，將種係聚焦的腫瘤分析僅限於年齡<30歲的腫瘤可能是合適的。

        11.在啟動患者種係測試之前，應由經驗豐富的臨床專家進行正式的變異審查和分類。

        12.在分析致病變種的種係樣本之前，應該向患者說明種係測試的相關信息，獲取他們的同意許可。

        13.應在有資質開展種係分析的實驗室中，分析種係樣品(淋巴細胞、唾液/口腔拭子、正常組織)的腫瘤致病變異。

        14.檢測到種係致病變異的患者應轉至專門的遺傳服務機構，進行長期隨訪和家屬管理。

        15.除非進行了穩健的劑量分析，否則正常/陰性腫瘤測序結果不應視為等於正常/陰性種係結果。這種區別對於諸如BRCA1和MSH2的基因特別重要，其中整個外顯子缺失/重複構成了致病變體的實質比例。

        16.應至少每兩年對該工作流程、修訂分析和建議更新進行再次評估。再分析應包括關於變異的致病性和CSG外顯率的最新數據，以及“種係轉換率”和VAF臨界值閾值的審查。

        參考文獻：

        D Mandelker, M Donoghue, S Talukdar, et al. Germline-focussed analysis of tumour-only sequencing: recommendations from the ESMO Precision Medicine Working Group,Annals of Oncology, Volume 30, Issue 8, August 2019, Pages 1221–1231,https://doi.org/10.1093/annonc/mdz136