在癌症管理過程中經常使用生物標誌物來指導治療決策和預測患者預後。然而，通常很難確定合適的生物標誌物——可以持續重現，並且容易用有限的患者標本進行分析。近期研究確定了被稱為甲基化的基因修飾鑒定出的生物標誌物，可以預測腫瘤免疫環境的類型和患者預後。
在癌症管理過程中經常使用生物標誌物來指導治療決策和預測患者預後。然而，通常很難確定合適的生物標誌物——可以持續重現，並且容易用有限的患者標本進行分析。近期研究確定了被稱為甲基化的基因修飾鑒定出的生物標誌物，可以預測腫瘤免疫環境的類型和患者預後。
《Cancer Research》雜誌上的一項新研究“Tumor Expression Quantitative Trait Methylation Screening Reveals Distinct CpG Panels for Deconvolving Cancer Immune Signatures”中，Moffitt癌症中心的研究人員報告了他們根據一類被稱為甲基化的基因修飾鑒定出的生物標誌物，可以預測腫瘤免疫環境的類型和患者預後。
基因受到特定修飾的高度調控，這些修飾既可以促進也可以阻斷其表達。一類被稱為甲基化的表觀遺傳修飾涉及甲基化學基團附著在基因的特定區域。通常情況下，基因啟動子區域較高水平的甲基化往往與較低的基因表達水平相關。最近，研究表明，遺傳甲基化的模式可能是潛在的生物標誌物。與常用的基因表達生物標誌物相比，使用甲基化作為生物標誌物具有幾個優勢，包括重現性和穩定性，使其易於在臨床環境中使用，不同檢測技術之間的變異較少，以及使用冷凍或甲醛固定並石蠟包埋的組織標本的能力。
目前，細胞溶解活性評分(CYT)是一種已得到確認的生物標誌物，可根據基因表達預測是否存在腫瘤浸潤淋巴細胞。腫瘤浸潤淋巴細胞是一類從血液中移出並進入腫瘤的免疫細胞。腫瘤中存在大量腫瘤浸潤淋巴細胞通常與患者預後改善相關。CYT通過測量基因表達模式預測是否存在腫瘤浸潤淋巴細胞，尤其是細胞毒性T細胞。
在他們的研究中，Moffitt研究人員想確定一個更好的生物標誌物，他們提出了基於腫瘤甲基化數量性狀表達(eQTM)的概念，將基因甲基化模式與基因表達相關聯，以確定潛在的生物標誌物。研究人員將黑色素瘤作為一種疾病模型，並評估他們是否可以確定一種特殊的甲基化標記，可以預測腫瘤的免疫環境是什麼樣子和患者預後。
研究小組發現，黑色素瘤樣本中的甲基化序列可以作為CYT的替代生物標誌物，並預測腫瘤中免疫環境的類型。通過進行更有針對性的分析，他們確定了名為TCF7的單個基因的甲基化可以預測腫瘤中的T細胞是否具有抗腫瘤特性，他們發現TCF7標記結合CYT可以預測患者預後。具體來說，具有低TCF7標記和高CYT的黑色素瘤患者比其他標記組合具有更長的生存期。研究人員證實了低TCF7/高CYT在其他腫瘤類型中的關聯，包括腎癌、食管癌、膠質瘤、肉瘤和肺癌。此外，研究人員確定TCF7標誌物可以獨立於其他變量預測患者預後。
“雖然還需要進行額外的研究，但這些分析表明，通過eQTM篩查來確定免疫表基因組狀態可以允許對患者預後進行準確的預測。該發現解鎖了個性化治療決策的潛在新靶點，它類似於指紋或虹膜掃描，”Moffitt計算免疫學小組負責人Xuefeng Wang博士說。
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