去年6月，一名43歲的婦女，因肺部疾病入住馬裏蘭州貝塞斯達的國家衛生研究院臨床中心。醫師已了解她攜帶一種具有高度耐藥性的肺炎克雷伯氏菌——該菌雖然未使她致病——醫師也把她安排在隔離病房。該婦女出院時，沒有其他人似乎已被該菌感染。然而，幾周以後，發現另一個患者攜帶了這種細菌，隨後的3個月期間，12個重症監護患者感染了它。其中，6個患者確定死於該菌的感染。

　　醫師們用通常的方法，不能了解這次感染爆發的原因：病床位置的調查表明，第一個患者沒有直接接觸過其他任何人，況且，從理論上講，克雷伯氏菌可能存在著多次被引入醫院的機會。因此，醫師們轉向細菌的基因組尋找答案。這一方法，稱為基因組流行病學，根據一項新的研究，該方法有助於醫師們，跟蹤這種細菌及其引起疾病的途徑和挽救生命。

　　基因組流行病學，利用細菌分裂時累積的突變事實進行分析。因此，細菌基因組細微的差異——其遺傳密碼往往隻有1個或2個字母或堿基對——從第1個患者到第2個患者。通過對患者體中細菌的全基因組測序，發現這些細微的差異，研究人員可以以前所未有的精度跟蹤微生物的運動。該技術已用於重建世界範圍內耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA）的傳播模型，以及確定海地爆發霍亂的源頭。

　　這，也幫助了貝塞斯達醫院的醫師們。對所有患者的這種細菌的基因組比較後，表明6月份女患者入院使這次感染確實開始了；研究人員指出，這種細菌已由她3次獨立地傳染給了其他的患者。醫院的傳染病醫師塔拉·帕摩爾（Tara Palmore）說，顯然，研究人員對傳播發生的方式不了解。她說：“當我們意識到有更多的人接觸過這種細菌，我們就開始檢測醫院中的每一個人的帶菌狀況。”在這種方法的幫助下，確定了重症監護病房外的患者多達4個，科學家們今天（8月22日）在線報告於《科學轉化醫學》雜誌。患者很快地被隔離起來，帕摩爾確認這樣可阻止該病菌的進一步傳播。

　　隻是這種微生物是如何傳播的，仍然不清楚。帕摩爾認為，這種細菌主要地是通過醫師的手傳播的。重症監護病房外專門派駐1人，以確保每一個進入監護病房的人，都要經過24/7衛生程序的處理。這表明，細菌可能已在物體的表麵或醫療設備上形成了克隆，並也以同樣的方式傳播。帕摩爾說：“人們普遍認為，在這樣的環境中，細菌是不會真正地存活的，但我們卻在6個水槽的下水口和一個通風裝置中發現了它們。”

　　英國劍橋大學的微生物學家沙龍·皮考克（Sharon Peacock），他沒有參與這一研究，他說：“這項小型研究證明，全基因組測序，對疫情調查和監測具有潛在的能力。”德國明斯特大學醫院傳染病專家達格·哈爾姆森（Dag Harmsen）說，這是“進一步證明，對醫院環境中的病原體，應用基因組測序的時機已經成熟。”他補充說，該論文也強調了像肺炎克雷伯氏菌那樣的革蘭氏陰性細菌的危險性。在許多患者中，這種細菌對任何可以利用的抗生素都不敏感；甚至，隻在所有其他抗生素無效情況下，才使用的一個老化合物多粘菌素，也沒有效。哈爾姆森說：“這甚至比MRSA更令人吃驚，因為你再也沒有什麼藥物來治療這些患者。”自這次感染爆發以來，該醫院的每一個患者都要經過這種危險病原體的檢查；到目前為止，已經發現1個更具耐藥性的克雷伯氏菌感染病例，雖然，這是一個不同的菌株。

　　帕摩爾說，基因組流行病學，使醫院可更容易地處理類似的感染爆發。她說：“現在，許多學術中心有能力做到這一點。”一個基因組測序的費用，不斷在降低；去年爆發期間，科學家們仍然每個基因組測序支付了約2000美元；現在，將更接近500美元。但是，皮考克告誡道，這仍然需要生物信息學專家化費數周時間，來解釋這些數據。“這項技術，在自動解釋工具可以使用以前，將仍然不適於在臨床實踐中作為常規應用。”