IBD發生時，腸道內細菌多樣性降低。擬杆菌和厚壁菌門細菌明顯降低，而放線菌和變形菌明顯升高，在炎症腸黏膜內黏附侵襲性E.coli明顯增多。但其在IBD發生過程中的病理生理機製仍不清楚。
劉占舉 教授
IBD發生時，腸道內細菌多樣性降低。擬杆菌和厚壁菌門細菌明顯降低，而放線菌和變形菌明顯升高，在炎症腸黏膜內黏附侵襲性E.coli明顯增多。但其在IBD發生過程中的病理生理機製仍不清楚。
文獻報道，臨床上已經使用健康者FMT治療艱難梭菌感染引起的偽膜性腸炎，取得良好療效，尤其對於頑固重症複發患者。目前，FMT也在其他疾病(腸易激綜合征、非酒精性脂肪肝、2型糖尿病、肥胖)進行臨床觀察中。
同樣，FMT對活動性UC患者療效也在臨床研究中。然而，對於FMT治療可能存在的臨床問題，值得斟酌。比如患者是否樂意接受或存在思想負擔、潛在的病原體感染風險、供體選擇和篩查過程中應遵循的嚴格排除標準、糞菌製備過程中的標準化方案，最佳的輸注途徑、每次輸注的細菌含量或總量以及頻率等。另外，患者在接受治療前的各項準備情況(腸道準備、腸道病原體檢測、合並用藥、鎮靜劑應用、健康教育等)，以及治療後的潛在副作用評估和飲食習慣等均可能影響臨床觀察。
盡管Gastroenterology在7月份發表的兩項臨床研究顯示，FMT在某些疾病中有一定療效，但當前在臨床上存在許多挑戰：腸內細菌在疾病發生過程中的角色仍不清楚，其是否屬於藥品、健康保健品，倫理審查，正確療效評估，製定標準化流程等。
總之，FMT治療IBD仍處於初期階段，仍需進一步隨機對照研究，才能揭開FMT治療UC的“神秘麵紗”。
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