細胞免疫是控製細胞內病原體的關鍵，但在進化的人類免疫反應中，個體細胞動力學和細胞-細胞協同性仍然知之甚少。單細胞RNA測序(scRNA-seq)是一個強有力的工具，可以用來分析健康和疾病中複雜的多細胞行為，並鑒定可測試的治療靶點。將其應用於縱向樣本可以提供一個揭示與疾病進展演變相關的細胞因子的機會，而不會潛在地混淆個體間的多樣性。
細胞免疫是控製細胞內病原體的關鍵，但在進化的人類免疫反應中，個體細胞動力學和細胞-細胞協同性仍然知之甚少。單細胞RNA測序(scRNA-seq)是一個強有力的工具，可以用來分析健康和疾病中複雜的多細胞行為，並鑒定可測試的治療靶點。將其應用於縱向樣本可以提供一個揭示與疾病進展演變相關的細胞因子的機會，而不會潛在地混淆個體間的多樣性。
為此來自哈佛和MIT等單位的研究人員提出了一種實驗和計算方法，使用scRNA-seq來描述動態細胞程序及其分子驅動因素，並將其應用於HIV感染。通過對急性感染前和急性感染期間的四個未治療個體的外周血單核細胞進行scRNA-seq檢測，研究人員在每個個體內部發現了隨時間和細胞亞群而變化的基因反應模塊，相關研究成果於近日發表在Nature Medicien上，題為"Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection"。
除了先前未被發現的細胞類型特異的幹擾素刺激基因上調，研究人員還描述了在批量測試中難以觀察到的瞬時基因表達反應，包括那些參與促炎的T細胞分化，單核細胞主要組織相容性複合體II上調延長和持久的自然殺傷(NK)細胞的細胞溶解能力。
研究人員進一步確定了在感染的最初幾周內出現的反應特征，例如增殖的自然殺傷細胞，這可能與未來的病毒控製有關。總之，這項研究提出的方法提供了一個統一的框架來描述多種動態細胞反應及其相互協調。
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