據對2011年在美國國立衛生研究院的肺炎克雷伯氏菌爆發的一項新的研究報告，在醫院中出現耐藥菌感染爆發時對該細菌進行全基因組測序可對感染控製的工作有幫助。在該次感染爆發的18位病人中有6人死亡。

　　由於對床位所在位置的一項仔細的分析沒有揭示有關該細菌是如何在病人間傳播的線索，Evan Snitkin及其同事轉而用全基因組測序來拚湊出所發生的情況。因為在該細菌繁殖時，肺炎克雷伯氏菌的基因組中的6百萬個核苷酸——DNA的構建塊——中隻有少數會有變化，該差異足以讓該研究團隊跟蹤細菌的傳播。

　　研究人員對采自每位患者的細菌樣本進行了基因組側序並發現，該次爆發最初來自一位患者，該患者在另外一個受到感染的病人被發現之前3個星期就離開了醫院。

　　該演變中的細菌的DNA變化給研究人員一種基因的時間郵戳，揭示了肺炎克雷伯氏菌最初是從病人-1傳播給病人-3的。病人-3接著將該細菌暴露給了病人-2，而病人-2有著被削弱的免疫係統並比病人-3病得更快。此外，這些數據證實，病人-4不是由病人-2或病人-3感染的，而是更為直接地由病人-1感染的。

　　該研究團隊將這些感染之一追蹤至某一台呼吸機上的汙染，該呼吸機已經受到了嚴格的清潔。

　　這些結果提示，對在重症監護病房中常常感染病人的細菌進行實時全基因組測序可提高對細菌的偵測能力並可能改善對醫院中感染爆發的控製。

Article:"Tracking a Hospital Outbreak of Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae with Whole-Genome Sequencing," by E.S. Snitkin; P.J. Thomas; J.A. Segre at National Human Genome Research Institute in Bethesda, MD; A.M. Zelazny; F. Stock; D.K. Henderson; T.N. Palmore at National Institutes of Health Clinical Center in Bethesda, MD; NIH Intramural Sequencing Center Comparative Sequencing Program at National Institutes of Health Intramural Sequencing Center in Bethesda, MD.

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