進行ECMO的指征包括急性呼吸窘迫綜合征（ARDS）患者的難治性低氧血症、創傷性嚴重肺損傷、等待肺移植和因肝肺綜合征而須等待肝移植等。其中，對於急性呼吸衰竭，除非患者有心衰，則應使用靜脈-靜脈ECMO治療，以避免心髒與ECMO泵間的血流競爭、保護肺髒並降低缺血及動脈血栓等並發症。
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