小兒心髒移植術適用於複雜先天性心髒病、心髒手術後頑固性心力衰竭、心肌病和心髒腫瘤患兒。但對於存在急性感染、艾滋病、乙型肝炎、非低心排出量引起的其他器官畸型或衰竭、染色體異常、先天癡呆、惡性病變和肺動脈高壓>6 個伍德（Wood）單位的患兒則為禁忌。
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