醫院內細菌性腦膜炎有可能起因於有創性操作（例如開顱術，放置內置或外置腦室導管，腰椎穿刺，鞘內輸注藥物或脊髓麻醉）、複雜性頭部創傷，或者在罕見病例中，起因於醫院獲得性菌血症病人中的轉移性感染。這些腦膜炎病例由不同於社區環境中獲得感染病例的微生物譜引起，並且疾病是多種不同發病機製的結果。
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