背景：冠狀病毒是人類和動物的重要病原體。2019年底，一種新型冠狀病毒被確定為中國武漢肺炎爆發的病原體，隨後在全球範圍內蔓延。全球已有2.4億多例新冠肺炎確診病例，包括近500萬人死亡。新冠肺炎危重患者可能會發展成急性呼吸窘迫綜合征，需要住進重症監護病房和機械通氣，這使他們容易受到細菌和真菌的雙重感染。念珠菌是ICU中最常見的分離病原體之一，影響6%至10%的患者。侵襲性念珠菌病的死亡率估計為19-40%，ICU患者的死亡率甚至更高，接近70%。最近，據報道，在SARS-CoV-2陽性患者中檢測到真菌的頻率更高，其中白色念珠菌是最常見的分離酵母菌。此外，抗生素和皮質類固醇的廣泛使用以及SARS CoV-2造成的損害，可能會使共生酵母菌侵入內髒，引起深度侵襲性感染。

        目的：新冠肺炎大流行增加了人們對感染如何影響危重患者肺部微生物群並導致急性呼吸窘迫綜合征的興趣。我們的目標是比較新冠肺炎危重患者和新冠肺炎陰性患者下呼吸道真菌菌群的特征。

        方法：采用Illumina MiSeq平台，對26例新冠肺炎陽性患者和26例非新冠肺炎肺炎患者的呼吸道標本進行內轉錄間隔區2(ITS2)基因分型。

        結果：新冠肺炎陽性患者更容易被念珠菌定植。ARDS與肺部生物失調有關，其特征是向念珠菌菌種定植的轉變和真菌多樣性的減少。我們還觀察到新冠肺炎+定植的患者在分類群之間有較高的細菌係統發育距離。在新冠肺炎陽性的非定植念珠菌患者中，ITS2擴增片段測序顯示子囊菌未定植增加。1例曲黴菌陽性標本。然後，我們發現，在新冠肺炎+患者中，糖皮質激素治療經常與曲黴菌半乳甘露聚糖細胞壁成分陽性相關。

        圖1真菌微生物群的α多樣性指數。小提琴曲線圖顯示有或無念珠菌感染的SARS-CoV-2陽性患者(n=24)α多樣性指標的比較。定植(n=6)和n=18(n=18)。顯示了帶FDR校正的中位數、第一、第三四分位數、p值和異常值。

        圖2.OTU水平對新冠肺炎陽性念珠菌患者(n=24)的Bray-Curtis距離度量的主坐標分析(PCoA)。定殖(n=6，藍點)，無假絲酵母菌。定植(n=18，紅點)。每個樣本都用一個點表示。軸1解釋了21.1%的變化，軸2解釋了觀察到的變化的12.4%。

        圖3。LDA LEfSE分析。該情節是通過Galaxy網絡平台工具生成的，網址是https://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/。條形列的長度表示LDA得分。圖中為新冠肺炎陽性患者中寄生念珠菌(綠條)和未寄生念珠菌(紅條)的微生物類群差異顯著(LDA評分> 2)。

        表1。Covid-19陰性(COVID-19-)和陽性(COVID-19+)患者的人口學和臨床特征。

        表2。COVID-19 +樣本的人口學特征

        結論：我們的研究證實，COVID-19+患者的ARDS與肺生態失調相關，未被念珠菌寄生的患者存在子囊菌密度增加。

        原文出處：VicianiE,GaibaniP,CastagnettiA,et al.Critically ill patients with COVID-19 show lung fungal dysbiosis with reduced microbial diversity in Candida spp colonized patients.Int J Infect Dis2022 Feb 09