【CMT&CHTV 文獻精粹】

        導語：本文探討了軟疣病毒的全基因組序列，為理解其在不同人群中的傳播模式和進化機製提供了重要視角。這項研究不僅揭示了病毒基因型的多樣性，也為現有的診斷方法和治療策略的發展提供了科學依據。

        軟疣病毒(Molluscum Contagiosum Virus, MOCV)感染是全球50種最常見的疾病之一，皮膚上的小丘疹為其常見表現。雖然多數情況下這些丘疹會在幾周或幾個月內自愈，但在免疫受損者中，MOCV感染可能導致嚴重的臨床問題。盡管早期研究通過限製性酶譜對MOCV的四個基因型(MOCV1-4)及其亞型變體(如MOCV1p, MOCV1va, MOCV1vb, MOCV1vc)進行了部分描述，但僅有MOCV1和MOCV2的完整基因組序列被公布。這使得MOCV的進化路徑和現有PCR診斷方法的準確性存在不確定性。

        2023年11月，mBio發表了一篇題為“Comprehensive analysis of 66 complete molluscum contagiosum virus (MOCV) genomes: characterization and functional annotation of 47 novel complete MOCV genomes, including the first genome of MOCV genotype 3, and a proposal for harmonized MOCV genotyping indexing”的文章，旨在填補這一研究空白。

        研究方法

        本研究是一項病毒基因組學研究，旨在全麵分析66個完整的MOCV基因組，包括對47個新發現的完整MOCV基因組進行特征描述和功能注釋，實現了對MOCV3基因型的首次完整基因組序列的鑒定。研究中開發了一個新的框架，用於從完整的MOCV基因組序列中提取限製性酶識別位點的輪廓，並與參考的限製性酶譜進行匹配。此外，研究還包括了對66個當前可用的MOCV基因組的係統發育、重組和限製酶識別位點的分析。

        研究結果

        係統發育分析揭示MOCV基因型多樣性

        本研究通過綜合分析66個完整的MOCV基因組，其中47個為新鑒定的基因組，揭示了MOCV基因型的廣泛多樣性。研究結果顯示，這些基因組能夠被歸類為六個係統發育亞群(PG1-6)，這些亞群與早期研究中識別的亞型變體相匹配。特別值得注意的是，PG5亞群代表了MOCV2的一個新發現的亞型變體。然而，並未發現與MOCV1vb或MOCV4亞型變體相對應的PG。這一發現表明，MOCV的進化路徑可能比之前所理解的更為複雜多變。

        大規模重組事件影響MOCV進化

        研究進一步通過重組分析揭示了大規模重組事件在MOCV進化中的作用。係統發育亞群可能從原型MOCV基因型譜係中分化出來，這一過程可能涉及大規模的基因重組。具體而言，重組事件RS1、RS2和RS3在MOCV基因組中的分布表明，這些事件在全球範圍內的MOCV基因型中均有發生，表明重組在MOCV的傳播和進化中扮演了重要角色。

        新型MOCV基因組的突變特征

        通過對新鑒定的MOCV基因組進行突變分析，研究團隊發現了大量的刪除(Deletions, DELs)、插入(Insertions, INSs)和單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphisms , SNPs)。具體來說，MOCV1基因型的序列具有多達77個DELs、73個INSs和1 169個SNPs，而非MOCV1基因組則至少有366個DELs、281個INSs和8 229個SNPs。特別是MOCV3基因組相對於MOCV1參考序列具有最多的突變，這表明MOCV3可能是一個相對較新的基因型。

        重組事件對診斷方法的影響

        研究還評估了現有基於PCR的MOCV基因分型檢測方法的準確性。結果表明，某些突變可能會影響這些檢測方法的特異性。例如，MOCV3在用於區分MOCV1和MOCV2的序列區域中與MOCV2相同，這可能導致MOCV3被誤分類為MOCV2。此外，MOCV1的一個亞型變體在檢測位點上也存在SNP，可能會被誤分類為MOCV2。這一發現提示了現有診斷方法需要進一步優化，以適應MOCV基因型的多樣性。

        總結討論

        本研究通過全麵分析66個完整的MOCV基因組，包括47個新鑒定的基因組，揭示了軟疣病毒的複雜基因型多樣性。研究發現，這些基因組可被歸類為六個係統發育亞群，其中PG5為MOCV2的新亞型變體。此外，重組事件在全球範圍內的MOCV基因型中普遍存在，表明其在病毒進化中扮演了重要角色。這些發現不僅豐富了對MOCV進化和傳播機製的認識，也為改進診斷方法和治療策略提供了科學依據。

        參考文獻

        ZOREC TM, ALM E, LIND KARLBERG M, et al. Comprehensive analysis of 66 complete molluscum contagiosum virus (MOCV) genomes: characterization and functional annotation of 47 novel complete MOCV genomes, including the first genome of MOCV genotype 3, and a proposal for harmonized MOCV genotyping indexing[J]. mBio. 2023, 14(6):e0222423. doi: 10.1128/mbio.02224-23.

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        編輯：耳東

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